Le Dr Eggman a mis la main sur le Prisme du Paradoxe, un cristal qui peut transformer Green Hill en un monde horrible. C’est ainsi que Sonic se retrouve transporté dans le monde de Néo Yoke City, où le béton, la pollution et les Egg Bots font la loi. Le hérisson supersonique arrivera-t-il à retrouver ses amis et à rentrer dans son monde ?