À Néo Yoke City, où tout est noir et pollué, Sonic a été capturé par le Conseil du Chaos qui veut tester l’énergie mystérieuse du hérisson. Mais non loin de là, les rebelles guettent, et ils pourraient bien venir en aide au prisonnier… Ne seraient-ce pas Rouge et Knuckles, les amis de Sonic ?